現在は修正されています（2015/10/19追記）
iCloudメモが激しく乱れる問題が直ってた | mutter
結論：どうしようもない
今のところの影響は、- Web版で表示が激しく乱れる（ー、ッ、ャが表示されない、括弧が縦向きになってしまう ）
- 入力出来ない
- MacのメモAppと同期できない
- これはiOS9にアップデートするときに警告されていて、そのうちリリースされるOS Xのアップデートを適用すると同期出来るようになる
アップルさんが何とかしてくれるのを待つしか無いかー。複数デバイスで手早く共有する方法としてかなり便利だったので、残念。コミュ投稿からもう5日経っちゃってるけど、対応まだかなあ……
参考
Safariで新しいiCloud Notesを開くと、本文の特定文字が表示されない | Apple サポートコミュニティ iOS9「メモ」のiCloudデータアップデートによる文字化け | Apple サポートコミュニティ
