言うが早いか、アップグレードしました。
どれが必要でどれが必要じゃないのか、判別しにくいんですが、
milanoさんのところを参考に（→Milano::Monolog: Movable Type 3.1 日本語版リリース）
アップグレード。
ものの10分ほどで終了、特に問題なし。
テンプレート各種が上書きされちゃうんで、
エントリー画面のカスタマイズなんかがデフォルトに戻るのは残念だけど、
まぁ再インストールと思えば。もう一回いじる、と。
mt.jsは上書きされてない（3.0Dと同じ日付だったので）おかげで
JavaScript関係は影響を受けてないけど。
（エントリー画面のリンクで別画面を開くように変更した、など）
で、早速サブカテゴリをいじってみる…ん？
あぁそうか、テンプレートの方もいじらないと反映されないのか。
マニュアルによると、サブカテゴリ用のタグがいくつか新設された模様。
試してみる…
…使いにくい（苦笑）
多分、リストを念頭に置いてるんだろうけど…
なかなか望む形にできない。
結局、MTSubCatIsFirst/MTSubCatIsLast の使用は諦めて、
MTHasParentCategoryで子カテゴリにのみスペースを挿入することで
階層を表現してみる。
…。綺麗だけどなんか迂回路みたいで釈然としねぇな…
とりあえず改善の余地はあるということで。
その他の点で言えば、テンプレートの再構築がしやすくなった。
前は、いちいち別ウィンドウが立ち上がってたけど、
『このテンプレートを再構築する』から、
そのまま再構築が出来る。
手間が減って便利になった。
今のところ目立った不具合もないし、
いいんじゃないですかね？